Médico guipuzcoano, creador de la moderna escuela gastroenterológica española, nació en Oñati el 18 de abril de 1861 y murió en Barcelona el 21 de noviembre de 1938.
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Realizó sus estudios en Valladolid y Madrid, donde se licencia en 1886 y doctora tres años más tarde con la tesis Pronóstico de las lesiones valvulares crónicas. Tras ejercer dos años en su villa natal, se traslada a Madrid, donde obtiene en 1892 un puesto de jefe de sala en el Hospital General. Desde el Hospital de Madrid llevó a cabo una decisiva innovación en la clínica española de su tiempo. Con unos medios precarios contribuyó de forma capital a introducir el pensamiento anatomoclínico que había revolucionado el ámbito de la medicina ochocentista. Profesor de Patología General en la universidad madrileña de 1903 a 1927. Su prestigio, ya notable, se consolida con los cursos de especialización que imparte entre 1907 y 1909, que serán publicados en 1910, Fisiología patológica de la digestión y Enfermedades del esófago y del estómago.
En el Manual de Medicina Interna, dirigido por Teófilo Hernando y Marañón, Madinabeitia redactó el capítulo “Enfermedades del peritoneo” (1916); el reconocimiento de esta concreta labor clínica suya lo obtuvo al ser designado presidente de honor de los dos primeros Congresos nacionales de Patología digestiva celebrados en Valencia (1931) y Barcelona (1933). El estallido de la Guerra Civil le sorprende en su residencia de Donostia-San Sebastián (Gipuzkoa); pasa a Francia, y de ahí a Barcelona, donde fallece.
Destaca en Madinabeitia un acusado perfil humano, un talante intelectual que le llevó a mantener principios ideológicos muy próximos al anarquismo que contrastaban con el puesto social que ocupó; afinidades de pensamientos fortalecieron su amistad con Simarro con quien estableció un laboratorio; en el Ateneo madrileño, en 1902, intervino en discusiones sobre la que entonces se llamaba “cuestión social”, defendiendo el credo anarquista de Federico Urales con Luis Simarro y jóvenes escritores en tal fecha militantes en el grupo de anarquistas teóricos como Maeztu y Azorín; la defensa que en 1919, también en el Ateneo, hizo Madinabeitia de la Revolución bolchevique tuvo gran resonancia.
La escuela que creó cuenta con los más ilustres nombres de la medicina española del s. XX: Luis Urrutia, Teófilo Hernando, Jiménez Díaz, Sanchís Banús, Gregorio Marañón... Sirviéndose del método anatomoclínico que en las clínicas europeas dominaba, Madinabeitia impuso en la medicina española una exploración rigurosa, asentada en pocos pero eficaces datos clínicos, susceptibles siempre de una valoración científica. Una capacidad nada común para extraer del interrogatorio médico los aspectos esenciales del proceso morboso contribuyó, con los escasos datos que el laboratorio le podía suministrar, a la realización de unos diagnósticos exactos que la autopsia se encargaba tantas veces de refrendar. Marañón califica en 1929 a Madinabeitia, de “uno de los grandes maestros de la Medicina contemporánea”.