Luego de las exploraciones del entonces gobernador de la Nueva Galicia, Francisco Vázquez de Coronado por lo que ahora son los estados de Arizona, Nuevo México, Texas, Kansas y Colorado y de haber descubierto el fabuloso Gran Cañón en 1542, éste regresó a Guadalajara para dedicarse a gobernar. Mientras, Francisco de Ibarra continuaba en la Nueva Vizcaya, que comprendía estos territorios, y fundando nuevas poblaciones y ciudades hasta su muerte en 1576.

A su fallecimiento prácticamente se paralizaron las exploraciones en el Norte y Noroeste hasta que en 1542 Juan de Oñate, hijo de Cristóbal de Oñate el fundador y colonizador de Nueva Galicia y descubridor de las minas de plata de Zacatecas, se decidió a explorar la zona norte, empleando para ello el gran capital que puso en sus manos su padre para que organizara la expedición y emprendiera la marcha. Oñate reunió a su costa 200 soldados, 400 colonos con sus mujeres y niños, muchos indios y negros, también con sus familias, así como gran cantidad de aperos de labranza, ganado vacuno y lanar, cerdos y otros animales y semillas para ir formando colonias a medida que avanzaran y dejando núcleos que irían multiplicándose.

Es digno de notarse que, a diferencia de los castellanos, que llevaban casi exclusivamente armas y vituallas sólo para ellos pues su intención era más bien conquistar y de la formación moral se encargaban los misioneros, los vascos llevaban elementos suficientes para colonizar y hacer crecer las regiones por donde ellos pasaban, con el espíritu humanista característico de la raza vasca, pensando siempre en la libertad del hombre lograda sobre la base de sus conocimientos, sus esfuerzos, su trabajo y su valor como persona.

Luego de un retraso de 16 meses por una absurda disposición del virrey, que le costó a Oñate la pérdida del equivalente actual aproximado de un millón de dólares, se puso en marcha por fin el cuerpo expedicionario.

Durante toda la jornada Oñate supo siempre valerse con habilidad y bondad, atrayendo a los indígenas y extendiendo su influencia colonizadora hacia el norte a grandes pasos pues los indios no se le oponían y tanto él como sus capitanes visitaban personalmente a los habitantes locales que al verlas con buenas intenciones los recibían bien.

	Juan de Oñate

Desdichadamente no faltaron dificultades y éstas se presentaron con los indios acomas cuando al visitarlos en su ciudad aparentaron ser amistosos y aprovecharon la confianza de los colonizadores para asesinarlos a mansalva, acción en la que murió Juan de Saldibar Oñate, primo del conquistador, y 30 de sus acompañantes. Vicente de Saldibar, hermano del victimado asaltó la meseta de 130 metros de altura y tras dos días de intensa lucha interrumpida, en que los asaltantes eran superados en número en una proporción de 20 a uno, los indígenas se rindieron. Vicente Saldibar regresó con los suyos a la última población que habían fundado y que recibió por nombre San Gabriel, llevando consigo a 80 muchachas indias que entregó a unas monjas de México para que las educaran.

Los indios acomas mantuvieron su rencor muchos años hasta que en 1629, Fray Juan Ramírez, el Apóstol de Acoma, fundó una misión en este lugar tras de haber salvado la vida a una niña indígena que se cayó de considerable altura y él materialmente la pescó en el aire, lo que los indios vieron como un milagro y eso pacificó sus ánimos. El padre Ramírez vivió entre ellos 20 años, en los que les enseñó a leer, catecismo, artesanías y nociones elementales. Los acomas llegaron a ser los indios más adelantados y cultos en toda la región. Después de varios levantamientos después de la muerte del padre Ramírez, al fin se pacificaron definitivamente y en 1709 se levantó una iglesia en donde estuvo la primitiva misión y hasta la fecha existe en la ciudad de Chemita, que antes fundó Oñate como San Gabriel.

Juan de Oñate llegó hasta el paralelo 40º y fundó de su peculio 112 pueblos. Hasta que se le agotó el dinero, lo que lo coloca en primer lugar entre los colonizadores y llegó a iniciar la fundación de la ciudad de San Francisco, en California, hasta 1608 que se cree fue el año en que murió.

Juan de Oñate dejó a su muerte, al igual que su padre Cristóbal y que Francisco de Ibarra y otros colonizadores vascos, un imborrable buen recuerdo entre servidores y nativos.

Sebastián Vizcaíno. Sus exploraciones en las costas de California
Mientras Juan de Oñate recorría las tierras del norte de México, otro explorador vasco hacía lo mismo pero en las costas del mismo territorio.

Se trataba de Sebastián Vizcaíno, que habiendo salido de habiendo salido de Acapulco llegó a la bahía de San Francisco, que también visitó Oñate y posiblemente Francisco de Ibarra, y en donde se enteró de que otros hombres barbados, como conocían a los europeos pues los indios eran lampiños, andaban a unas 100 o 200 leguas al interior, tratándose seguramente de Juan de Oñate y sus seguidores.

En larga travesía bajó de San Francisco hasta San Diego como parte de su exploración pues los reyes querían que se reconociera la costa de California por las referencias que habían dado de ella Oñate y los Ibarra, esta vez sí por cuenta de la Corona de España porque además de que Vizcaíno no tenía dinero nadie quería arriesgar fondos en ese viaje, que se consideraba caprichoso.

Integraban la flota de Vizcaíno las naves San Diego, que era la capitana; Santo Tomás, que era la almirante y la fragata Tres Reyes.

Salió de Acapulco el 5 de mayo de 1596 y tras nueve meses de una navegación muy difícil por lo agitado del mar llegaron por fin al cabo de San Sebastián, para el mes de julio arribaron a Sinaloa, plaza fundada por Ibarra, y el 9 del mismo mes a la bahía de San Bernabé, en el extremo sur de la península de California. Siguieron la ruta por la costa hasta la Bahía de Ballenas y la isla de Cedros, en donde atracaron, y partieron nuevamente el 9 de septiembre y tras anclar en la bahía de San Hipólito y San Cosme llegaron por fin a San Francisco en donde permanecieron varios días a causa de un fuerte temporal.

Reconocieron la bahía de San Judas y San Simón a los 22 días y el 30 llegaron nuevamente a San Diego.

Luego de avistarla, reconocieron la bahía de Santa Catalina e hicieron contacto con los indígenas, que por cierto no eran belicosos.

Y así siguieron por varios meses en idas y vueltas sin descansar casi para nada. recorriendo millas y millas, luchando contra temporales y tempestades en unas naves tan pequeñas que resulta difícil creer que hayan permanecido a flote y sufriendo por fin del temible escorbuto. Además, en aquellas costas abundan los arrecifes, el clima es cálido y húmedo y por si fuera poco con frecuencia sufrían ataques de los indios, que aparecían por todas partes, y ellos no iban bien armados ni las naves artilladas puesto que no iban en plan de guerra sino de exploración científica.

Navegaron siempre ajustándose al plan preconcebido e incluso fundaron el puerto de Monterrey, aún existente.

Vizcaíno dejó una relación muy detallada y meticulosa de estos viajes, con abundancia de datos, derroteros, mapas, planos, etcétera y de su búsqueda del paso "al otro mar", o sea al Atlántico, que naturalmente no encontró.

Su Viaje a Japón
Atravesando todo el Pacífico hizo en 1611 un viaje a Japón por su parte más ancha y en nombre del rey de España y virrey de México presentó una embajada al soberano japonés luego de haber arribado al puerto de Urangaba y fue recibido por el príncipe heredero con gran ceremonial y por el pueblo, que acudió en masa llenando las calles y mostrando un entusiasmo desbordado. Más tarde fue recibido por el emperador con la misma atención y calidez y permaneció en ese lugar durante varios meses en excelentes relaciones con sus anfitriones, en espera de órdenes y refuerzos mientras sus recursos iban mermando y los regalos y mercancías para cambiar se estaban deteriorando.

Y por si fuera poco, se inutilizó el navío y no recibió los socorros pedidos. Tal vez por la inquietud consiguiente ante lo que consideraba un abandono que no merecía y una ingratitud, Vizcaíno terminó por enfermar gravemente.

Luego de un tiempo consiguió al fin que el rey de Mazamonedo le facilitara una nave, mediante contrato, y después de soportar terribles tormentas y monzón es durante su travesía de regreso llegó por fin a las costas de la Nueva Galicia y de ahí viajó a Zacatecas, a donde llegó el 20 de enero de 1614 y se dedicó a escribir una relación de su viaje a "las islas de oro y plata", como se llamaba al Japón en ese tiempo, en un manuscrito que aún existe en la librería de Barcia en su Epítome de la Biblioteca Oriental y Occidental.

Tiempo después pasó a Monterrey, en California, fundado por él, en donde estableció una colonia y ahí permaneció hasta su muerte.

Con su visita a Japón, Vizcaíno contribuyó a afirmar aún más los lazos que se habían establecido con el Oriente luego de las expediciones de Legazpi y Urdaneta y con el comercio que floreció entre el continente americano y el asiático y la enorme trascendencia que tuvo esa relación, que hasta la fecha perdura y que desdichadamente no es lo suficientemente reconocida por el resto del mundo; sólo en Bahía Banderas, en las costas de Jalisco, existe un monumento que recuerda el inició de la expedición de aquellos marinos vascos, y otro en Filipinas que recuerda la conquista, por cierto pacífica, realizada por ellos mismos, de aquel archipiélago que cobró tanta importancia como punto de entrada para el resto del Oriente y de salida hacia el continente americano.