La fauna se configura como uno de los factores integrantes del Geosistema. Aunque no cuenta con una traducción aparente en el paisaje, no sólo va a caracterizar diferentes unidades, sino que cuenta con una gran importancia en la extensión y estructura de otros elementos como: vegetación, suelos, geomorfología e incluso el ser humano y los usos del suelo derivados de las actividades de éste.

En todo caso, la fauna es un elemento que aparece muy determinado por los diferentes elementos y características del Geosistema y sin embargo, ejerce una menor influencia sobre éstos. De esta manera, el que se encuentre tan determinada la configura como un indicador realmente fiable de la condición y situación de los diferentes geosistemas y su traducción superficial en el paisaje. Esta característica la convierte en fundamental a la hora de realizar un diagnóstico sobre el medio natural dentro de la propia ordenación y gestión del territorio.

La dificultad en la detección de las diferentes especies y la escasa tradición dentro de la propia ordenación territorial, con respecto a los estudios sobre la fauna, han hecho que no haya sido contemplada con regularidad y que muchos estudios y planes de ordenación, a diferentes escalas, hayan obviado o tratado muy de pasada este elemento. Sin embargo, las nuevas tendencias sociales, la presión de los grupos ecologistas y naturalistas y el gran público, en general, además de la constatación de que la fauna puede convertirse, en sí misma, como un recurso que explotar, han dado lugar a que, tanto las diferentes administraciones con competencias territoriales y los propios técnicos hayan prestado una mayor atención a este tema.

No obstante, en el mejor de los casos, los estudios consideran aquellos grupos o taxones animales más aparentes, despreciando otros como la mayor parte de los invertebrados. Desde luego, si difícil es ya el estudio de la denominada "Macrofauna" (Vertebrados), más complicado se hace un estudio de tipo global en el que contemplemos todos los grupos animales. El estudio de los vertebrados, sin embargo, aun siendo un primer paso refleja perfectamente no sólo la situación de otros grupos, sino que, como se comentó anteriormente, puede ser un paso previo en la valoración de la calidad ambiental de un determinado territorio.

El análisis de la fauna se convierte en primordial de cara a un análisis, un diagnóstico y una toma de decisiones certera. En este sentido, existen dos grandes grupos o tipos de métodos que pueden englobarse dentro de los denominados "estudios cuantitativos" y "estudios cualitativos". Dependiendo del que se elija deberemos plantear diferentes herramientas metodológicas de toma de datos y análisis. Sin embargo, en contra de lo que muchos especialistas creen, un estudio de tipo cualitativo no tiene porqué ser menos válido que uno de tipo cuantitativo. En muchos casos ofrece unos resultados mucho más apegados a la realidad. Por otra parte, en muchos casos la elección no es posible por diferentes cuestiones: escasez de tiempo, escasez de medios económicos, técnicos, humanos, escalas amplias y de poco detalle, grupo alto de taxones a estudiar y analizar, etc. En todo caso, dentro de estos estudios las herramientas metodológicas a emplear son variadas aunque domina, en gran medida, la consulta a diferentes fuentes cartográficas y bibliográficas: citas, censos, recuentos, etc. Junto a ello se pueden poner en marcha otros métodos propios como los censos, transectos, estaciones escucha y reclamo, análisis de huellas y señales, trampas sin muerte, consultas a la población residente, etc.

Una vez tipificada la fauna, lo normal es que el criterio básico para ordenarla y gestionarla sea la Biodiversidad. Sin embargo, este criterio ha sido en muchos casos mal entendido y mal aplicado. Para empezar, el concepto de diversidad biológica cuenta con tres niveles. El primero se refiere a la diversidad de especies. Éste ha sido el más utilizado y conocido puesto que es muy intuitivo. El segundo es la abundancia o escasez de cada una de las especies, es decir, qué población mantiene cada uno de los taxones estudiados. Por último, el tercer nivel recoge la diversidad genética, es decir, la cantidad de ecotipos o razas diferentes que muestra cada uno de los taxones. Como este último nivel es difícilmente analizable, se pueden obtener magníficos resultados atendiendo a los otros dos.

Sin embargo, hay que tener presente otra cuestión de gran importancia; la biodiversidad que presenta un determinado territorio no deja de ser un dato aislado y carente de cualquier valor, a no ser que se pueda comparar con otros datos y otros territorios.

Por otra parte, afortunadamente, en los últimos años no sólo se ha dado importancia a los datos de biodiversidad, sino que se ha tendido a medir o especificar la calidad o categoría de cada uno de esos taxones. De esta manera, no es lo mismo una especie cosmopolita, bien repartida, ubicua y con importantes efectivos poblacionales que aquella escasa, en peligro de extinción, muy específica y especializada. Tampoco hay que desdeñar el que no sólo se atienda a la valoración de los diferentes taxones por sí mismos, sino que también se atienda a valorar los diferentes ecosistemas que sustentan a dichas especies. Estas dos últimas cuestiones han sido tenidas en cuenta en la "Directiva Hábitat" del 21 de mayo de 1992. Esta directiva, que cuenta con la vocación de unificar y sustituir a las diferentes leyes y decretos nacionales y autonómicos; clasifica a las especies dependiendo precisamente del peligro de desaparición que muestran, además de incluir los diferentes ecosistemas bajo el epígrafe de hábitats y clasificarlos regulándolos al igual que las especies. La clasificación y regulación depende de diferentes criterios, a saber: la escasez, el peligro de desaparición, el nivel de conservación, el carácter específico, el valor sustentante de fauna, la importancia ecológica, así como otros valores naturales.

Mientras la directiva hábitat se va extendiendo e imponiendo, a nivel de Euskal Herria hay que tener en cuenta otros documentos jurídicos como son:

• El catálogo nacional de especies amenazadas, Real Decreto 439/90 (a nivel del estado español).
• El Real Decreto 1095/89 por el que se declaran las especies objeto de caza y pesca (a nivel del estado español).
• El catálogo vasco de especies amenazadas de la flora y fauna del País Vasco. Decreto 167/1996 de 9 de Julio (a nivel de la Comunidad Autónoma de Euskadi).
• El registro de la fauna silvestre de vertebrados de Navarra. Orden Foral 0209/1995 de 13 de Febrero (a nivel de la Comunidad Autónoma de Navarra).
• La "Nouvelle Loi de Chasse" del 26 Julio de 2.000 (a nivel de Iparralde y , en general de toda Francia).
• El "Traité Fauna et Flora sur les animaux sauvages. Code Rural" (a nivel de Iparralde y , en general de toda Francia).
• La "Loi de protection de la Nature" de 10/07/76. (a nivel de Iparralde y , en general de toda Francia).

Por otra parte, el análisis y diagnóstico integrados pueden hacerse a través de una metodología sistémica, creando unidades operacionales a partir del propio análisis de la fauna o integrando ésta en otros elementos. El más adecuado puede ser la vegetación, de manera que nos encontramos con los ecosistemas o hábitats definidos para la propia Directiva Hábitat. También podemos realizar diagnósticos a partir del estudio empírico de la propia fauna, con la ayuda de expertos ajenos al grupo de trabajo. Contrastando opiniones diferentes.

En todo caso, los resultados deben tener en cuenta que la fauna puede considerarse como un recurso a explotar y un valor a conservar. Ambos, al contrario de lo que puede parecer, no tienen porqué ser ajenos o antagónicos. Aparte de las especies cinegéticas y aquellas piscícolas susceptibles de ser pescadas a partir de prácticas más o menos deportivas, el resto de especies no explotables por los conductos habituales y con diferentes grados de conservación pueden configurarse como un elemento interno de dinamización. A partir de cuestiones como el ecoturismo en los territorios con altos valores ecológicos, puede funcionar de esta manera en sectores como el hostelero, artesanal, educativo, científico, etc. Ejemplos de este tipo existen hoy por hoy en muy diversos países y diferentes espacios.