La quiebra de la soberanía navarra en Álava, Guipúzcoa y el Duranguesado no puede atribuirse exclusivamente a la campaña militar de Alfonso VIII de Castilla y su ejército en 1199-1200. Estuvo precedida de acontecimientos que comenzaron mucho tiempo antes y se acumularon durante casi un siglo, por lo menos desde 1113, si no antes. Su acumulación, al igual que el exceso de aguas de lluvia en las laderas de los montes, provocó la quiebra o ruptura del dominio navarro sobre estos territorios, trabajosamente articulado a lo largo de dos siglos de vaivenes.

La actuación de Alfonso I el Batallador modificó substancialmente las líneas maestras del régimen constituido a raíz de 1076 y basado en la alianza de la monarquía castellana con la nobleza riojana y vascongada. El deseo de reintegrar la Rioja Alta a la esfera pamplonesa supuso un primer enfrentamiento con parte de esta nobleza, que condujo a la hostilidad permanente entre la casa de Haro, desplazada del gobierno de la Rioja Alta y luego de Vizcaya, y la monarquía navarra.

En 1134 Castilla recuperó el control de La Rioja y creó un sistema de vasallajes en el que quedaron encuadrados por separado tanto los reyes de Pamplona como el linaje alavés de los Vela, principal soporte del poder de éstos en tierras vascongadas. Esta situación debilitó a la monarquía pamplonesa y menoscabó su autoridad incluso entre los linajes vascongados que la apoyaban, que siempre consideraron a Castilla como una opción más ventajosa para su encumbramiento social y para el provecho de sus territorios. Castilla, que llegó a controlar en algún momento Álava, prefirió no forzar la situación, consciente de que era mejor para ella la consolidación de un reino de Pamplona que fraccionaba el poder político en el valle del Ebro y al que podía controlar.

La ruptura del vasallaje que el rey de Pamplona prestaba a Castilla, explicitada en 1162, fue un proceso complejo, que traía causa en una nueva formulación de la monarquía, basada más en la proyección territorial de la soberanía que en su proyección personal. Sancho VI el Sabio asumió conscientemente la nueva intitulación de rey de Navarra como expresión de esta mutación de su realeza. Además de fijar con nitidez un territorio concreto sobre el que se proyectaba esa soberanía, implicaba un ejercicio más intenso del poder real en todo su ámbito. Castilla no aceptó la ruptura del vasallaje y menos aún el ataque navarro que se produjo a continuación y que permitió a Navarra recuperar parte de La Rioja y la práctica totalidad del País Vasco.

Estos nuevos planteamientos condujeron necesariamente a un largo enfrentamiento entre Navarra y Castilla por la inclusión de estos territorios en sus respectivos reinos, concebidos como espacios soberanos nítidamente diferenciados, que no eran susceptibles de encabalgamientos ni de vasallajes múltiples. El resultado fue la fijación de la frontera entre ambos reinos, que supuso el reconocimiento mutuo de ambas instancias soberanas, lo cual implicaba la negación de cualquier otra. El territorio vascongado no era, por tanto, sujeto de soberanía, sino objeto de reparto entre dos soberanías, la de Navarra y la de Castilla. El tratado de paz de 1179 implicó el trazado de una frontera artificial en el territorio vasco: casi toda Vizcaya quedó dentro de Castilla, mientras que Navarra retuvo Álava, Guipúzcoa y el Duranguesado.

Al igual que a principios del siglo XII, al final de la centuria los planteamientos políticos de la monarquía navarra chocaron con la aristocracia de los territorios vascongados, que no admitió ni el proceso de urbanización que los reyes navarros impulsaron en Álava y Guipúzcoa ni la reorganización del territorio en distritos reducidos, encomendados tanto a nobles autóctonos como a navarros. El conflicto, que ya se insinuaba en 1179, fue tomando cuerpo conforme se producían estos cambios en las dos décadas siguientes.

El estudio sistemático de las tenencias constituidas en Álava y Guipúzcoa entre 1180 y 1200 y de las personas que las dirigieron demuestra la progresiva introducción en ellas de nobles navarros y el desplazamiento de la nobleza vasca, que vio mermado su poder político y social. En la periferia meridional de Álava se distinguen tres tenencias: Buradón-Portilla, Laguardia-Marañón y Punicastro-Antoñana. Estaban en manos de dos linajes de la nobleza alavesa conocidos desde mediados del siglo XI, los descendientes de Álvaro Díaz (el llamado "conde Marcelo"), representados por Álvaro Muñoz, y los Piérola, presentes a través de Pedro Ramírez y Gómez Martínez. A partir de 1188 fueron sustituidos por nobles navarros o riojanos al servicio de Navarra. En el corazón de Álava y en Guipúzcoa se distinguen cinco tenencias: Vitoria, Záitegui, Treviño, Arlucea y el resto de Álava y Guipúzcoa (con sede en Aizorroz). Inicialmente linajes de la nobleza alavesa (Vela, Piérola, Mendoza, Álvaro Muñoz) controlaban cuatro de estas tenencias; sólo Arlucea estaba en manos de nobles navarros. Los cambios se iniciaron en 1184 y prosiguieron en 1187-1188, aunque no fueron lineales y, en algunos momentos, los nobles alaveses recuperaron cuotas de poder. A partir de 1194, coincidiendo con el inicio del reinado de Sancho VII, se produjeron nuevas sustituciones de nobles alaveses por navarros. En 1199 se desgajó la tenencia de San Sebastián del resto de Álava-Guipúzcoa, y se encomendó a un navarro. Entonces sólo una de estas tenencias, la de Záitegui, estaba en manos de un noble alavés, encuadrable en el clan de los Mendoza, pero fiel a Navarra.

Arlucea.

Mientras que Navarra consideró el tratado de 1179 como una solución definitiva, Castilla no lo aceptó como tal y se limitó a esperar una coyuntura diplomática adecuada para intervenir en los territorios vascongados. La reactivación del conflicto estuvo condicionada por los avatares de la política peninsular en su conjunto. La inclinación de Sancho VII hacia los almohades provocó su aislamiento, cuando los demás reinos cristianos españoles decidieron aliarse ante el peligro almohade (1196). La posterior alianza entre Castilla y Aragón (1198) abrió paso a la intervención castellana de 1199-1220.

La campaña militar de Alfonso VIII en 1199 tuvo como objetivo prioritario Álava, donde la resistencia se limitó a la ciudad más importante, Vitoria, y a dos castillos, Treviño y Portilla, sedes de otras tantas tenencias navarras. El rey castellano obtuvo las fortalezas del resto de Álava y Guipúzcoa mediante negociaciones con los responsables nobiliarios de ambos territorios y quizás con juntas nobiliarias, que pudieron obtener del rey castellano la detención del proceso urbanizador y la aceptación de un estatuto peculiar para Álava, dentro de un contexto de aceptación plena de la soberanía castellana. En estos acontecimientos jugó un importante papel la inclinación hacia Castilla de los grupos dirigentes de estos territorios.

Portilla.

Navarra, ante la evidencia del carácter irreversible del hecho, tuvo que aceptarlo (treguas de 1201, 1202 y 1207) y aprovechó coyunturas excepcionales, como la derivada de la batalla de las Navas de Tolosa (1212), para recuperar algunas posiciones y hacer algunos retoques fronterizos: cuatro castillos en el reborde montañoso de la Rioja Alavesa (Buradón, Alcázar o Toloño, Toro y Marañón). En 1204 Alfonso VIII, al borde de la muerte, se planteó una restitución parcial de algunos de los territorios conseguidos en 1200, en concreto la franja del noreste de Guipúzcoa (entre Fuenterrabía y Arano) y casi toda la Montaña Alavesa, a cambio de que Navarra reconociera la pérdida del resto. En modo alguno se planteó una restitución total y el plan quizás no pasó nunca de proyecto, sin que fuera ni siquiera planteado ante la corte navarra, puesto que la recuperación de Alfonso VIII hizo innecesaria la restitución.

Sierra de Toloño.

Más adelante, aunque la administración navarra conservó los datos del asunto, en muy pocas ocasiones pudo hacer uso de unas reivindicaciones muy teóricas y, cuando lo hizo (1234, 1366), se limitó a reclamar Álava y Guipúzcoa, que era tanto como reconocer la legitimidad de la frontera de 1179, basada en el reparto de los territorios vascongados entre dos soberanías, la de Navarra y la de Castilla.