La muerte de Franco, el 20 de noviembre de 1975, abrió la posibilidad de instaurar un régimen democrático en España. En contra de la idea inicial de la oposición, la transición no fue un proceso de ruptura, sino una reforma en la que intervinieron tanto sectores aperturistas del régimen como los principales partidos de la oposición. El PNV –de modo muy diferente a lo que había hecho en el tránsito de la Monarquía a la República, entre 1930 y 1931– se implicó a fondo en la transición democrática, pues, como en la República, la vuelta a la democracia en España iba unida a la posibilidad de lograr un Estatuto vasco, que era el objetivo inmediato del PNV. En este contexto, la figura y el regreso de los dirigentes políticos que habían tenido que marchar al exilio con motivo de la Guerra Civil fue uno de los puntos clave de la transición. Manuel Irujo era uno de los exiliados vascos con mayor peso político, aunque el protagonismo del exministro de la República en este período fue mucho menos decisivo que en etapas anteriores.

Pero, aunque no estuviera ya situado en primera línea, Irujo siguió manteniendo una activa vida política entre 1975 y 1981. Su biografía en estos años tiene un claro punto de inflexión con su regreso a Navarra en marzo de 1977. Hasta ese momento, Irujo residió en París, siguiendo con interés los acontecimientos políticos y participando en el Consejo Federal Español del Movimiento Europeo, del que era presidente desde 1973. El 24 de marzo de 1977 Irujo regresó del exilio (siendo objeto de un recibimiento multitudinario en el aeropuerto de Noain). Al día siguiente fue recibido por el Ayuntamiento de Pamplona, donde estableció definitivamente su residencia. Tal y como estaba previsto, llegó justo a tiempo para participar e intervenir en la Asamblea Nacional del PNV en Pamplona. En las primeras elecciones democráticas, celebradas en junio de 1977, Irujo fue elegido senador por Navarra en el seno de la coalición "Frente Autonómico" (integrada por PNV, PSOE y ESEI). Designado presidente de la Asamblea de Parlamentarios Vascos, tomó parte activa en los debates constitucionales y en el desarrollo de la preautonomía vasca, especialmente en la solución sobre la posibilidad de incorporación de Navarra a la futura Comunidad Autónoma de Euskadi.

Manuel Irujo en el Alderdi Eguna, Aralar 1977.

En estos años, participó en numerosas actividades políticas (mítines, Aberri Eguna, inauguración del monumento a la batalla de Machichaco, campaña pro Estatuto Vasco, recibimiento al lehendakari Leizaola en Bilbao, etc.) y culturales, incluyendo la revitalización de Eusko Ikaskuntza y el nombramiento –que no pudo recoger– de doctor honoris causa por la Facultad de Derecho de la Universidad del País Vasco. Aprobada la Constitución en 1978 y convocadas nuevas elecciones generales, Irujo solicitó a su partido, dada su avanzada edad, no volver a ser designado candidato al Senado. Sin embargo, fue número uno de la candidatura de "Nacionalistas Vascos" (PNV, EE, ESEI, PTE) al Parlamento Foral de Navarra por la circunscripción de Pamplona, siendo elegido parlamentario. Participó en las tareas del Parlamento Foral hasta el verano de 1980, en que, estando descansando en Estella, cayó enfermo de gravedad y tuvo que ser ingresado. Tras una ligera recuperación, seguida de una recaída en diciembre, falleció en Pamplona el 1 de enero de 1981, a los ochenta y nueve años.