La Comunidad Autónoma del País Vasco cuenta con un elevado número de especies de vertebrados continentales, habiéndose inventariado un total de 399 especies, tanto sedentarias como migrantes. Esta riqueza en especies viene motivada por su situación biogeográfica, de contacto entre Europa y la Península Ibérica, la diversidad de ambientes, que van desde la costa cantábrica hasta el valle del Ebro, pasando por zonas de montaña como las de las sierras de la divisoria de aguas, y por la existencia de zonas biogeográficamente bien diferenciadas: la zona cantábrica, al norte de la divisoria de aguas, con presencia de especies de carácter atlántico, la zona mediterránea, al sur de la sierra de Cantabria, con especies de carácter mediterráneo y la zona subcantábrica situada entre las dos, con especies de carácter atlántico y mediterráneo.

Asimismo señalar que el territorio de la Comunidad en las rutas migratorias de un buen número de aves, por lo que es frecuente poder observar especies migratorias en paso, existiendo zonas como Urdaibai o Txingudi que son utilizadas como áreas descanso y de invernada por determinadas especies migratorias ligadas al medio acuático.

La fauna silvestre de la Comunidad ha sufrido tradicionalmente, sin embargo, una gran presión humana tanto por persecución directa como por la alteración de sus hábitat, que ha traído consigo la desaparición o rarificación de especies y la alteración de comunidades.

Es bien conocida la persecución sistemática especies como el lobo o el oso, conflictivas para las actividades ganaderas, hasta llegar a su exterminio. Otras especies de gran fragilidad no han podido soportar la presión humana, como es el caso de grandes rapaces como el águila real, el quebrantahuesos, el búho real, etc.

Por otra parte, la alteración del medio natural por las actividades humanas ha modificado tradicionalmente el hábitat de las especies silvestres.

En los territorios de Bizkaia y Gipuzkoa el caserío ha sido la forma de explotación tradicional del medio rural, basada en la creación de pastizales y pequeños cultivos, a costa de los bosques autóctonos, en las áreas de baja y media altitud. En la actualidad muchas de estas zonas se encuentran ocupadas por plantaciones forestales. Las masas de bosque autóctono más importantes se encuentran en las zonas de montaña.

En estos territorios cabe destacar la fuerte presión de las zonas urbanas e industriales, que durante décadas ha hecho que los principales cursos de agua estuviesen fuertemente contaminados, impidiendo incluso la existencia de comunidades piscícolas y acuáticas en general. Este desarrollo ha traído consigo también la reducción de la superficie de humedales en la zona costera, lo que ha influido directamente en las especies propias de este medio.

En la vertiente mediterránea la alteración más importante ha sido producida por la transformación de bosques en áreas de cultivo. Esto ha producido la deforestación de grandes áreas, especialmente patente en la Llanada y en la Rioja alavesa. En otras partes en donde, por su orografía, no era posible dicha transformación, se ha conservado el arbolado autóctono, manteniéndose, hoy en día, una extensión forestal considerable.

La presión urbana e industrial se encuentra más concentrada en el entorno de Vitoria y de núcleos concretos como Amurrio o Llodio. Esto hace que, a excepción del río Zadorra que atraviesa las zonas industriales, gran parte de los ríos de la vertiente mediterránea se encuentren afectados en menor medida por la contaminación urbana e industrial y presenten mejores condiciones para las especies acuáticas.

Conviene señalar sin embargo la evolución positiva en los últimos años de determinadas especies y grupos de vertebrados, que han visto mejoradas sus poblaciones e incluso ha hecho que especies extinguidas hace décadas empiecen a colonizar el territorio de la Comunidad.

Así, la mejora de la calidad del agua de los ríos de la vertiente cantábrica ha facilitado que en amplios tramos prácticamente abióticos, en la actualidad se haya iniciado su colonización por especies piscícolas. Especialmente llamativo es el caso de la recuperación del salmón atlántico en algunos ríos de Gipuzkoa y Bizkaia, ya que es un gran indicador de la recuperación de la fauna de los ríos.

Destaca asimismo la lenta pero progresiva recuperación de grandes rapaces como el buitre leonado, el águila real e incluso el quebrantahuesos, que beneficiadas sin duda de la existencia de un cada vez mayor respeto general hacia las especies de fauna silvestre.

En estas condiciones es fundamental plantearse la protección y el fomento del patrimonio faunístico de la Comunidad, de forma que se garantice el mantenimiento de las especies y comunidades presentes y se facilite la evolución de especies que han iniciado una incipiente colonización. Esta es además una parte fundamental de las estrategias de conservación de la naturaleza. La aprobación de la Ley estatal 4/1989 de Conservación de los Espacios Naturales y de la Flora y Fauna Silvestre y la Ley 16/1994 de Conservación de la Naturaleza del País Vasco sientan las bases para la protección de las especies de la fauna silvestre.

El principal cambio conceptual introducido por estas leyes es que todas las especies se encuentran protegidas y se impide su captura con carácter general, quedando autorizadas únicamente las que tienen un interés para la caza o para la pesca o las capturas motivadas por intereses científicos o culturales.

La ley vasca ofrece especial atención a las especies amenazadas y crea el Catálogo Vasco de Especies Amenazadas de la flora y fauna silvestre y marinas, entendiendo por tales las especies, subespecies o poblaciones cuya protección exige de medidas específicas. El catálogo establece la figura del plan de gestión como instrumento para garantizar la conservación de las especies amenazadas, a través de la adopción de las medidas necesarias que permitan superar los riesgos que ponen en peligro dichas especies.

El catálogo establece cuatro categorías para clasificar las especies amenazadas, en función de su situación y de los riesgos existentes cara a su conservación:

• En peligro de extinción: Especies cuya supervivencia es poco probable, si los factores causales de su actual situación siguen actuando.
• Vulnerables: Especies que corren riesgo de pasar a la categoría anterior en un futuro inmediato si los factores adversos que actúan sobre ellas o sus hábitats no son corregidos.
• Raras: Especies o subespecies cuyas poblaciones son de pequeño tamaño, localizándose en áreas geográficas pequeñas o dispersas en una superficie más amplia, y que actualmente no se encuentran "en peligro de extinción" o sean "vulnerables".
• De interés especial: Especies que, sin estar contempladas en ninguna de las categorías precedentes, son merecedoras de una atención particular en función de su valor científico, cultural o por su singularidad.

Los estudios sobre la situación de las 399 especies de vertebrados inventariadas en la Comunidad Autónoma del País Vasco dieron como resultado la inclusión en el Catálogo de 146 especies de vertebrados continentales. En aplicación de los criterios de clasificación de cada una de las categorías el número de especies de cada una de ellas y el porcentaje que representan son:

Las 146 especies suponen el 37% de la totalidad de las especies de vertebrados continentales inventariadas y su distribución por grupos es la siguiente.

Las especies calificadas como en peligro de extinción y que, por tanto, se encuentran en mayor peligro son:

La mayor parte de las especies catalogadas son especies ligadas a los hábitats acuáticos y humedales, especies forestales asociadas a bosques maduros con árboles viejos y oquedades, especies que sufren destrucción humana directa y especies que viven en zonas agrícolas y ganaderas, cuyo paisaje ha sido muy simplificado por dichas actividades.

Finalmente señalar que el reto de la conservación de la fauna silvestre es garantizar la conservación de las especies y comunidades, pero integrada en el desarrollo que la sociedad plantea, buscando soluciones que compatibilicen dicha conservación con los proyectos de infraestructuras y zonas urbanas e industriales que se planteen en el territorio.