El Museo está gestionado desde 1991 a través del Patronato Municipal de Cultura, quien se está encargando de la puesta en marcha del proyecto, tanto en lo referente a plazos y contenidos, como a la captación de colaboraciones de instituciones públicas y privadas.

El proyecto "San Telmo, Museo para la Cultura Vasca" está elaborado por la empresa K-6 Gestión Cultural y propone una definición de futuro para el Museo, en base a dos conceptos fundamentales:

• "Museo para" o "museo al servicio de...", distinto del "museo de..." como contenedor de algo finito; se plantea un museo inacabado en permanente evolución, lugar de inspiración y reflexión, abierto a la fantasía y al desarrollo personal.
  
• "Cultura Vasca": definida como milenaria y viva, entendida como pluralidad de conocimientos, modos de vida, desarrollo científico e industrial, del pensamiento, de las formas de comunicación verbal, musical y plástica... como hechos, útiles, creencias, valores, comportamientos, actividades intelectuales o tecnológicas, organización social o política... a lo largo de su historia y resultado de modificaciones, préstamos, decisiones, rupturas, rechazos y enriquecimientos.

Tras el inicio de la renovación por parte del Ayuntamiento donostiarra en 1996, el proyecto está dotando al Museo San Telmo de criterios propios y sólidos de cara a la transformación del mismo. ¿Cuál es a día de hoy el resultado de este proceso; cuáles son sus perspectivas de futuro?

Primer mensaje: San Telmo sigue abierto y quienes hayan seguido visitándolo, habrán podido comprobar in situ el avance de las obras, además de poder participar en el "espacio de renovación" y dar su opinión para enriquecer el proyecto con su aportación.

Segundo mensaje: la renovación es integral y progresiva, por lo que sin esperar a un día "D", los criterios y procedimientos de renovación se van trasladando de forma inmediata a las funciones y actividades del Museo.

Las actuaciones arquitectónicas inciden en la rehabilitación del antiguo convento dominico del s.XVI, monumento histórico-artístico de carácter nacional; en este momento, el claustro ha sido ya restaurado y está siendo equipado de cara a su posterior utilización como espacio museístico, de exposición. La torre (cubierta y fachadas exteriores) también ha sido rehabilitada y los problemas de humedades -que afectaban a todo el edificio y en especial a las salas de exposiciones temporales- han sido ya resueltos en un porcentaje muy alto.

Después vendrá el turno de la iglesia y de los anexos de los años 30 de este siglo (volumen cara al monte Urgull, y más tarde el volumen a plaza Zuloaga, entrada principal del Museo y salas de exposición permanente de la colección de pintura) que han llegado a tener importantes problemas estructurales, de humedades, de equipamientos... en espera del edificio de ampliación que permitirá al Museo añadir más de 3000 m2 a los casi 6.000 m2 ya existentes. Allí se ubicarán la nueva recepción y otros servicios al público, la biblioteca especializada, y los ejes de circulación hacia los distintos espacios del edificio.

La intervención museológica está desarrollando ya las líneas directrices de la exposición permanente y su distribución espacial. Serán cuatro grandes secciones que recogerán de un modo coherente, atractivo e integrador, una importante selección de las colecciones del Museo. La primera entrega de esta exposición renovada será la titulada "Signos de espiritualidad", en la que trabaja el equipo del Museo de cara a su presentación este mismo año de 1999.

Las orientaciones museográficas de otras dos secciones ("Memorias" y "Presentación del sitio") han sido revisadas, se han ido concretando aspectos de interiorismo e identidad visual, política de colecciones y necesidades de almacenaje, al mismo tiempo que se ha elaborado un nuevo diseño de estructura organizacional.

El reto del Museo San Telmo, y posiblemente el de todos los museos es cómo resolver la aparente contradicción de principio que tienen, en cuanto instituciones permanentes, según la definición del ICOM, cuya finalidad primera es la conservación del patrimonio. El Museo se ve "obligado" a renovar su identidad; pasar de imponente a participativo y de estático a dinámico. Debe desempeñar una función de vanguardia en la comunidad, y debe quedar clara su vocación de servicio.

Las características de San Telmo orientan este proceso de renovación de una forma peculiar, por lo que junto al personal propio, se está contando con el asesoramiento de la empresa autora del proyecto.

Al hablar del futuro del Museo San Telmo, parecen muy oportunas las palabras de la museóloga brasileña Fernanda de Camargo-Moro, en la revista Museum (1982): "Las semillas de la nueva museología han comenzado a germinar, aun si el tiempo de la cosecha no ha llegado todavía. Nuestros museos se están despojando de su apariencia carcelaria para ir adquiriendo poco a poco la calidez de las antiguas ágoras".